Tom Clancy’s Ghost Recon Advanced Warfighter 2 kontynuuje wydarzenia z pierwszej części gry i powierza graczowi zadanie kierowania elitarną jednostką armii amerykańskiej – Ghosts. W roku 2014 narastający konflikt pomiędzy meksykańskimi lojalistami, a siłami buntowników wpędził Meksyk w wojnę domową. Ghosts, dowodzeni przez kapitana Scotta Mitchella zostają wezwani, aby zapobiec coraz większemu zagrożeniu jakie wojna domowa stanowi dla USA. Los dwóch krajów leży teraz w ręka